इसके पश्चात अपने घर या फिर देव स्थान के मुख्य द्वार के सामने गोवर्धन पर्वत बनाकर पूजा की जाती है। यहां साक्षात गोवर्धन स्वयं विराजमान हैं। सनातन धर्म में गोवर्धन पर्वत को रक्षा कर मनोकामना पूरी करने वाला देवता बताया है। दीपावली के बाद देश में ही नहीं बल्कि पूरे विश्व में गोवर्धन जी की पूजा होती है। गोवर्धन पूजा के मुख्य केंद्र गोवर्धन धाम में विराजमान गोवर्धन पर्वत की पूजा क्यों होती है इसके पीछे सोलह कला अवतारी भगवान श्रीकृष्ण की लीलाओं का अनूठा वर्णन है।

गोवर्धन पूजा अन्नकूट के रूप में:
इन्द्र का गर्व चूर करने के लिए गोवर्धन पूजा का आयोजन श्रीकृष्ण ने ब्रजवासियों से करवाया था। यह आयोजन अन्नकूट पूजन के रूप में किया जाता है। इसकी शुरूआत द्वापर युग से मानी जाती है। उस समय लोग इंद्र देवता की पूजा करते थे। अनेकों प्रकार के भोजन बनाकर तरह-तरह के पकवान व मिठाईयों का भोग लगाते थे। कहते हैं कि मेघ देवता राजा इंद्र का पूजन कर प्रसन्न करने के लिए ऐसा आयोजन करते थे। एक बार भगवान श्रीकृष्ण ग्वाल-वालों के साथ गाय चराते हुए गोवर्धन पर्वत के पास पहुंचे तो वह यह देखकर हैरान हो गए कि गोपियां 56 प्रकार के भोजन बनाकर बड़े उत्साह से उत्सव मना रही थीं। कृष्ण ने गोपियों से इस बारे में पूछा तो गोपियों ने बताया कि इंद्र देवता प्रसन्न होंगे और ब्रज में वर्षा होगी जिसमें अन्न पैदा होगा। इस पर कृष्ण ने गोपियों से कहा कि इंद्र देवता में ऐसी क्या शक्ति है जो पानी बरसाता है।

इससे ज्यादा शक्ति तो गोवर्धन पर्वत में है, इसी कारण वर्षा होती है। हमें इंद्र देवता के स्थान पर गोवर्धन पर्वत की पूजा करनी चाहिए। ब्रजवासी कृष्ण के बताए अनुसार गोवर्धन की पूजा मेें जुट गए। सभी ब्रजवासी घर में अनेकों प्रकार के पकवान बनाकर बताई विधि के अनुसार गोवर्धन पर्वत की पूजा करने लगे। कृष्ण द्वारा किए गए इस अनुष्ठान को देवराज इंद्र ने अपना अपमान समझा तथा क्रोधित होकर अहंकार में मेघों को आदेश दिया कि वे ब्रज में मूसलाधार बारिश कर पूरे ब्रज को तहस-नहस कर दें। ब्रज में मूसलाधार बारिश होने पर ब्रजवासी घबरा गए तथा कृष्ण के पास पहुंचकर इंद्र देव के प्रकोप से रक्षा का निवेदन करने लगे। ब्रजवासियों की पुकार पर कृष्ण बोले कि सभी अपनी गऊओं सहित गोवर्धन पर्वत की शरण में चलो। यही गोवर्धन पर्वत ही सबकी रक्षा करेंगे।